Isusovačku klasičnu gimnaziju s pravom javnosti u Osijeku osnovao je Provincijalat Hrvatske pokrajine Družbe Isusove u Zagrebu. Odluka o osnivanju donesena je 10. veljače 1998. godine.
Rješenjem Ministarstva prosvjete i športa od 25. lipnja 1998. (KLASA: UP/Iº- 602- 03/98-01/25; URBROJ:532-01/98-3) škola je dobila dopuštenje za početak rada prema nastavnom planu i programu klasične gimnazije u četverogodišnjem trajanju i stekla pravo javnosti.
Na zahtjev Osnivača isto Ministarstvo dopisom od 9. srpnja 1998. godine (KLASA: 602-03/98-01/35; URBROJ: 532-02-02/2-98-07) dalo je suglasnost za upis učenika u prvi razred školske godine 1998./99. i time uključilo nasu školu u Strukturu i opseg upisa.
Isusovačka klasična gimnazija s pravom javnosti u Osijeku upisana je u sudski registar ustanova u Trgovačkom sudu u Osijeku s matičnim brojem subjekta MBS: 030059109.
Na temelju tih odluka i rješenja škola je počela s radom u rujnu 1998. godine. tj. sa školskom godinom 1998./99. u prostorijama II. gimnazije u Osijeku u Ulici Kamila Firingera 5. U prvi razred tada se upisalo svega 23 učenika. Tako je bilo formirano samo jedno razredno odjeljenje. U naredne dvije godine u prve razrede je upisivano po dva razredna odjeljenja kako je predviđeno prema planu upisa Osnivača škole i odobrenju Ministarstva.
Godine 2000./01. škola se preselila na današnju lokaciju,
Bastion VIII, trg Vatroslava Lisinskog 1.
Ravnatelji škole:
- mr.sc. Pero Mijić – Barišić ravnatelj u osnivanju do rujna 1998.
- prof. Petar Galauner 1998. – 2001.
- mr.sc. Mirko Nikolić 2001./2002.
- mr.sc. Ivan Matić 2002. – 2010.
- mr.sc. Ivica Musa 2010. – 2014.
- mr.sc. Sebastian Šujević 2014. – 2023.
- Alen Šimičić, prof. 2023. –
